ファイルをゴミ箱に捨てるには、シェル関数を使い、以下のようにします。
SHFILEOPSTRUCT fo;
fo.hwnd = hWnd; // メインウィンドウのハンドル
fo.wFunc = FO_DELETE; // 削除しますよ、というフラグ
fo.pFrom = filename; // 削除したいファイルパス
fo.pTo = 0;
fo.fFlags = FOF_ALLOWUNDO | FOF_NOCONFIRMATION | FOF_NOERRORUI;
int ret = SHFileOperation(&fo); // 0だと成功
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